roof と　we の間に関係代名詞の”which”が省力されています。
roof の後に”(which) we see over there” と繋げることで、roofがどんなroofか説明しています。なので、　”roof we see over there”で、「あちらに見える屋根」という意味になります。
この場合の関係代名詞がwhichであるのは、roof と we see over ～の文章の関係で決定できます。
roofがsee の目的語となるため、目的各となるwhichが使用できます。
なお、whichはthatに置き換え可能で、どちらの場合も省略が可能となります。
thatはwhicに置き換え可能です)

whichの用例：He has a guitar which he bought last year.

ちなみ、whoseも関係代名詞、the houseがどんなhouse であるか説明するために、whose の後にwe see～、と繋げて、houseの説明をしています。
この場合、whoseが用いられるのは、whoseが繋ぐ前後の文の影響です、houseとroofを繋いでおり、「家の屋根」という家の所有の意味が読み取れます。所有格のwhoseが来ます。

whoseの用例: He has a friend whose wife is a singer.

「私はこの嫌悪感をある種の強い自己受容力で見ないことにしている」と訳してみました。
前後の文脈がわからないので、「this hatred」を「自分自身の嫌悪する部分」と解釈してみました。「self-acceptance」は「自己受容力」という意味です。
もし前後の文脈を記載していただければ、より正しい和訳ができるかと思います。

「apply to」は日本語にすると「～に適用される」という受動のような意味にとらえることができますが、英語では能動の意味しかなく、「～に適用する」という訳の方が近いです。

英語では、
「this price can apply to～」も「this price can be applied to～」も可能です。
日本語では同じ意味になります、

今回の場合、話し手が「You can apply it ot more than one item」という感覚を持っている中で、「it」を強調するために目的語であった「it」を主語に持ってきているため、「be applied to」という受動態になったのではないでしょうか。

関係形容詞の後は不完全な文が来る、というのは学校で教わったことでしょうか。
必ずしも不完全な文が来るわけではありません。
この文は、
1. Please come at noon
2. I will be back in my office by noon.
という二つに分けることができます。
今回の文では、二つの文を繋げるために2の文のby noonを前に出してきて、”by which time”に変化しました。この”by which time”は”I will be back in my office”という文を修飾する句で、副詞句となります。
二つの文を繋げると、この副詞句である”by which time”が前に出てきて、関係形容詞以降の文が完全な文のように見えますが、当初の文(I will be back in my office by noon)からは欠けている部分があることがわかるかと思います。

関係詞の後が「完全な文」か「不完全な文」かというのを意識するより、二つの文を一つに繋げた時に、関係詞以降の文の一部がちゃんと前に出ているかどうかが関係詞を使った文を作る上で大切になってきます。

前置詞+whatの場合ですが、二つに分かれている文の時点でwhatは目的語であるので、一つの文に繋げてwhatの部分を前に出し、前置詞+whatにすると、それ以降の文は不完全な文になります。
whatが目的語なので、それを前に出すと、自然の流れで以降の文は不完全な文になるということです。

これは、不定詞の形容詞的用法で、to be born poorという不定詞句が名詞のthe misfortuneの内容を説明するものです。
名詞の内容を説明する際には、不定詞は必ず説明する名詞の後ろにきます。

例) It is my honor to have such a great opportunity.
訳）このような素晴らしい機会をもてて、光栄に思います。
“to have such a great opportunity”が””my honorを説明しています。