tortus only had little legsの方が、事実を強調するニュアンスが強く聞こえます。読むときもアクセントはonlyに来ます。
日本語にすると、~~しかありませんでした!みたい感じでしょうか。
Tortus had only little legs だと、意味は通じますが不自然に聞こえます。
おそらく、単に語順の問題だと思いますが、日本人が3 big applesとbig 3 applesどちらも違和感が感じない人が多いのに対して、ネイティヴはそうではないのと同じかと思います。