完全文という表現を初めて知りましたが、文章として全て説明はできています。
恐らくwhichの特殊な使い方がわかりにくくしているかもしれません。
A B of which（多分こんな書き方かな？）でAのBという意味としてとらえます。

the cause of which のwhichはanxietiesに対してで不安（which）の原因という意味になるので、全体で直訳すると
彼は　私が「その」原因を想像できない　「不安」で満たされているように見えた

といったところでしょうか。

これとかwhereの代わりにin whichとか使えるとビジネスでちょっとワンランク上がったようになるしたまに使ってます。

感覚的な説明ですが…
manufacturingが名詞的にも動詞的にも活きてきます。

the cost of manufacturingでは名詞的とらえ方の製造
manufacturing the new productsでは動詞＋目的語（Objectだかcomplementだか）で新製品（を）製造（している）
これらを組み合わせて
「新製品【製造】の費用は」
と繋がります。

教材が間違ってます。

なんも間違ってないです。

beforeだろうがafterだろうが名詞だけじゃないです。
確かif文とか時制の現在完了とかそんなやつ…present perfectとか英語だとそういう系です。
if・when・after・before・once・although・unless・untilとかその辺が似たジャンルです。

I had been working for A company for 2 years before I have worked here.
時制系で今後出てくるかもな面倒な例文置いときます。

早解きだとわからないかもですが前後の文章ってありそうですね。
thatがそれ以降の文章全てに対する「＝」になっています。
一つずつ考えてみましょう。

―翻訳-
問題となるのは亀のひれへとめぐる血液の流れ、「それ」は還流（血液が戻る事）したときに動物の中心体温を一定以下にする危険性がある。
（一部意訳しちゃってます）

じゃあ翻訳した文章の「それ」って何？ってなると血液についての説明でした。(whenの後も一緒)
【問題】＝【中心温度を下げる危険】にも【戻る（今回は還流）】にも繋がっていませんね。

「The problem is that」は問題の定義をして、そのあとにじゃあこの「問題」ってやつを解決しましょうとか文章が続くから必要で、なくても通じます。

似たようなの適当に作ってみました。「THEY = lack communications」
As lack communications cause many potential mistakes at each section, 「THEY」 risk your company damaging with less trust from other companies when 「THEY」 occur huge issues.
同様に「The problem is that」をつければじゃあ問題である「コミュニケーション不足解消するためにどうするのか」っていう結論だったり提案を続けて文章として書いていきます。

長々失礼しましたー。

７不思議の１つがピラミッド、つまり他６つなら「the other six」
あと口語限定かもですが名詞を省略してるときは「seven」じゃなくて「sevens」とかの方がしっくりきます。