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まず be going to VでVするつもりだというフレーズです。toのあとに必ず動詞が必要なフレーズです。
例えば
I’m going to text him back later(私は彼にあとで返信するつもりだ)
さらにこのフレーズを疑問詞疑問文にしたのがこの文章です。
What を置くことでtext him back later の代わりになっています。ここで注意しなければならないのはtext him back をwhatに置き換えているため動詞がなくなってしまいます。先述した通りこのフレーズは動詞がないと成り立ちません。
そこで一般動詞のdoを代用することで成り立たせます。
もしdo が無ければ
What are you going to? (あなたはなにをつもりですか？)と不完全な文章になります。
What do you do?
とwhat do you?とは言わないのと同じです。
少しでもお役に立てれば幸いです。