「stop at」はある場所での最終的なstopのニュアンスが含まれています。
例：We will stop at building B. (Bビルに止まる。)
「stop by」のほうが一時的な停止のニュアンスが含まれます→どこかでちょっと立ち寄って、そこからまた別のどこかへ移動するような。
例：We will stop by building B. (Bビルに立ち寄る。)
前後の文章によってどちらでも使えてほぼ同じ意味になったりすることもありますが、上記の微妙なニュアンスの違いはあると思います。
それと、「stop by」のbyは「近く」という意味にもなり得ますので、例えば、could you stop by that big tree? (あの大きな木の近くに止めてくれる？)のような文章・意味もあります。
Tommyさんの仰るように日本語で分かり易く言うと
Stop byの方が立ち寄る。。でStop atは止まる。。と考えた方が正しい解釈だと思います＾＾
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よく分かりました。 いつも分かりやすく説明を有難うございます。
Jon-m