tortus only had little legsの方が、事実を強調するニュアンスが強く聞こえます。読むときもアクセントはonlyに来ます。
日本語にすると、~~しかありませんでした!みたい感じでしょうか。
Tortus had only little legs だと、意味は通じますが不自然に聞こえます。
おそらく、単に語順の問題だと思いますが、日本人が3 big applesとbig 3 applesどちらも違和感が感じない人が多いのに対して、ネイティヴはそうではないのと同じかと思います。
onlyはその修飾する単語の前に置くはず、と主張する教科書がありそうだが、個人的にはonly had little legsで全く違和感ありませんし、多分会話の中ではその単語順を使うネイティブのほうが多いのかなと想像します。
ニュアンスに特に違いがないと思います。